艾灸的最佳时间主要是根据艾灸的部位来决定，通常在15-40分钟。因为人体各部位形态各异，血肉分布不均，对艾灸热感反应不同，故每个部位艾灸时间也有所区别。
一般来说，头部、面部、胸膈以上的部位不宜多灸。头、面、胸部穴位施灸时间相对短一些，建议15-20分钟。四肢末端皮薄而多筋骨处施灸时间，建议为20-30分钟。
背部(背部腧穴)、下肢等肉厚部位则可多灸、长灸，大部分灸法均可使用，建议施灸时间为30-40分钟。具体艾灸时间，应该根据病人反应情况、艾灸强度进行调整。
此外，最适合进行艾灸疗法的季节是夏季，夏季气温高，穿衣少，艾灸时非常方便，不像冬季时需要脱掉衣服施灸，容易受凉。而且天气热，人体对温度也比较敏感，不容易被烫伤。
一天中最佳艾灸时间是上午，上午大自然和人体的阳气都开始升发，在此时间艾灸可以事半功倍，特别是阳虚、气虚体质的人，如怕冷、手足不温、免疫力低、大便不成形等。
当然对于不同体质和病症，艾灸的时间也不一样，如调理脾胃可以在9时到11时施灸，养肾在17时到19时施灸，失眠要在临睡前施灸。一般艾灸养生保健以上午为宜。