肛门血栓能否自愈受多种因素影响，包括血栓大小、症状程度、患者体质和生活习惯等，患者应根据自身情况，积极采取适当的措施，促进血栓的消退。
1、血栓大小：若肛门血栓体积较小有一定自愈可能，较小的血栓对周围组织的压迫和刺激相对较轻，身体自身的凝血和纤溶系统可能逐步发挥作用，促使血栓慢慢被吸收，患者可通过调整生活方式辅助恢复，避免久坐、增加活动量等以促进局部血液循环，为血栓的吸收创造有利条件。
2、症状程度：当肛门血栓引起的症状较轻时，自愈的几率相对增加，仅有轻微的肿胀和疼痛，未出现严重的疼痛、出血或感染等情况，患者可通过温水坐浴、局部冷敷等方法缓解症状，促进血栓的消退。但如果症状较为严重，自愈的可能性则会降低。
3、患者体质：患者的身体体质对肛门血栓的自愈也有重要影响，如果患者身体健康，免疫力较强，身体的修复能力相对较高，良好的体质有助于身体调动自身的防御和修复机制，促进血栓的吸收和恢复，体质较弱的患者自愈的难度可能会增大。
4、生活习惯：良好的生活习惯有助于肛门血栓的自愈，保持大便通畅，避免用力排便，减少对肛门的刺激。
饮食上注意清淡，多吃富含膳食纤维的食物，避免辛辣、油腻食物，戒烟限酒，避免熬夜等不良生活习惯，如果患者能够坚持良好的生活习惯，自愈几率会大幅度上升。
肛门血栓患者应注意保持肛门清洁避免搔抓，适当进行体育锻炼增强体质，如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，遵医嘱进行治疗。