阴茎短小的原因包括遗传因素、内分泌异常、营养缺乏等，阴茎短小通常指阴茎外观正常，但在疲软状态下长度小于4cm，或在勃起状态下长度小于7cm，且无法满足正常性生活需求的情况。
1、遗传因素：遗传在阴茎发育过程中起着关键作用，家族中若存在阴茎短小的遗传倾向，后代出现阴茎短小的概率会相对较高。遗传基因决定了阴茎海绵体、白膜等组织的发育基础，影响阴茎的生长潜力。某些特定基因的突变或多态性，可能导致阴茎发育相关的信号通路异常，从而阻碍阴茎正常生长。例如与雄激素受体相关的基因发生变异，可能影响雄激素对阴茎发育的促进作用，致使阴茎短小。
2、内分泌异常：雄激素对于阴茎的正常发育至关重要，在胎儿时期，若雄激素分泌不足，如先天性睾丸发育不全综合征患者，其性染色体异常，导致睾丸功能减退，雄激素合成减少，阴茎发育会受到明显抑制。下丘脑-垂体-性腺轴功能障碍，也会影响雄激素的分泌和调节。垂体分泌的促性腺激素不足，无法有效刺激睾丸分泌雄激素，同样会造成阴茎发育迟缓，出现阴茎短小的情况。
3、营养缺乏：在生长发育阶段，营养物质的充足供应是阴茎正常发育的基础。蛋白质、维生素、微量元素等营养成分对细胞的增殖、分化和代谢起着关键作用，长期营养不良，尤其是缺乏蛋白质、锌、硒等重要营养素，会影响阴茎海绵体组织的生长和修复。例如锌参与多种酶的合成与激活，对生殖系统的发育和功能维持至关重要，缺锌可能导致阴茎发育不良，影响其正常大小。
阴茎本身的一些局部病变也可能导致阴茎短小，如隐匿阴茎，这是一种先天性阴茎发育异常，阴茎体缩藏于体内，凸出外面的只有尖尖的小包皮，外观上看似阴茎短小。阴茎海绵体纤维化、硬结症等疾病，会影响阴茎海绵体的正常充血和扩张，导致阴茎在勃起时不能充分伸展，从外观上表现为阴茎短小。
阴茎短小的注意事项
- 要正确认识阴茎大小的正常范围和个体差异，避免因过度关注阴茎大小而产生焦虑、自卑等不良情绪。每个人的阴茎大小在一定范围内存在差异，且性生活质量并非完全取决于阴茎大小。通过与伴侣沟通、了解性健康知识等方式，缓解心理压力，保持良好的心态。若心理负担过重，可寻求专业心理咨询师的帮助，进行心理疏导。
- 家长要密切关注儿童及青少年的生长发育情况，定期带孩子进行体检，监测身高、体重、第二性征发育等指标。若发现孩子在青春期发育迟缓，如阴茎发育明显滞后于同龄人，应及时就医，进行全面检查，包括内分泌功能检测、染色体检查等，明确原因，早期干预，避免错过最佳治疗时机。