双侧椎动脉入横突孔位置高，主要与先天性解剖变异或发育异常有关，一般不需要进行特殊处理。但如果出现不适症状后，建议及时到医院就诊，并积极配合医生进行治疗。
先天性解剖变异是导致双侧椎动脉入横突孔位置高的主要原因，表示椎动脉位置异常升高，可能由于胚胎发育过程中第一颈椎与第二颈椎之间的融合不完全导致，具体表现为椎动脉的位置比正常情况下更高，可能起源于颈部横突孔上方。
椎动脉是向脑部供血的重要血管，位置异常可能影响脑部的血液供应，进而引发相关症状，可能会出现眩晕、恶心、呕吐等前庭功能紊乱的表现，严重时可引起脑干供血不足，表现为头痛、耳鸣等症状。
影像学检查如MRI或CT扫描，可以显示椎动脉的位置和形态是否异常，头颅磁共振血管造影术（MRA）或数字减压血管造影术（DSA），可用于评估椎动脉的功能状态。
如果出现与椎动脉高压相关的症状，如眩晕、头痛等，应及时就医，接受专业医生的评估以及治疗。平时还应保持良好的生活习惯，避免剧烈运动和不良睡眠姿势，减少不适症状的发生。