胶囊胃镜与普通胃镜的区别差异主要体现在观察部位、舒适度上，两者各有利弊，建议根据自身情况和医生建议选择合适的检查方式。
胶囊胃镜是将内窥镜吞进去即可，无需麻醉。而普通胃镜需要通过操作管将镜头伸入胃部，需要在清醒状态下一直插着一条管子。胶囊胃镜患者更容易配合，引起恶心、呕吐等不适感的情况较少。普通胃镜操作过程中需要患者配合，大多数患者容易出现恶心、呕吐等不适。
胶囊胃镜会随胃肠道的蠕动对胃部进行观察拍照，可以观察整个消化道，包括普通胃镜不能观察的肠道等部位。但是在体内不受控制，观察拍照时可能出现遗漏，不能对医生的诊断提供全面细致的影像资料。而普通胃镜在医生操作下对胃部进行全面细致的观察，更容易发现微小病变或早期病变，不容易漏诊，并且可通过对可疑病变部位进行病理活检及细胞学检查，以进一步明确诊断。此外，胶囊内镜是一次性使用的，可以避免交叉感染。
在进行胶囊胃镜或普通胃镜检查后，需要注意休息，适当清淡饮食，避免摄入辛辣刺激性食物，如辣椒、洋葱、芥末、大蒜等，有助于恢复。