肛瘘手术后的休养时间因肛瘘情况、个体情况等而有所不同，约需2-16周的时间进行休养，期间注意养成健康生活方式，并定期去医院复查。
1、单纯性低位肛瘘：如果是单纯性的低位肛瘘，手术创口相对较小，恢复较快。通常在术后2-3周，伤口开始逐渐愈合，患者可以基本恢复正常的日常生活，但仍需避免剧烈运动和久坐。
2、复杂性低位肛瘘：对于复杂性低位肛瘘，由于手术范围较大，伤口较深，恢复时间相对延长。一般在术后3-4周，伤口会有明显的愈合迹象，患者能够进行轻度的活动，如短时间的散步。完全恢复正常活动，可能需要6-8周。
3、单纯性高位肛瘘：单纯性高位肛瘘的手术创口位置较深，对肛门周围组织的损伤相对较大。术后4-6周，伤口才会逐渐愈合，在此期间患者需要注意休息和护理。大约8-10周，患者可以恢复正常工作和一般强度的运动。
4、复杂性高位肛瘘：复杂性高位肛瘘的手术难度大，创伤面广，恢复时间较长。术后6-8周，伤口开始愈合，但仍需要精心护理。要完全恢复可能需要12-16周，甚至更长时间，期间要定期复查，观察伤口恢复情况。
如果患者同时患有糖尿病、营养不良、免疫功能低下等基础疾病，会影响伤口的愈合速度。患者即使是较简单的肛瘘手术，恢复时间也可能延长2-4周甚至更久。若术后出现伤口感染、假性愈合、肛门失禁等并发症，需要进一步治疗和处理，休养时间会显著延长。在感染得到控制、并发症解决之前，患者可能需要数月的时间来恢复。