卵巢囊肿的治疗需根据囊肿性质、大小、症状及患者年龄、生育需求制定分症方案，避免盲目手术，兼顾治疗效果与卵巢功能保护。
1、观察随访治疗：适用于生理性囊肿、小型病理性囊肿（直径＜5厘米），无明显症状、卵巢功能正常者。每3-6个月复查妇科超声，监测囊肿大小与形态变化，生理性囊肿多可自行消退，病理性囊肿无进展时无需特殊处理。
2、药物治疗：适用于炎性囊肿、子宫内膜异位囊肿，炎性囊肿需针对性使用抗生素，配合抗炎中成药，控制炎症促进囊肿吸收，子宫内膜异位囊肿可服用孕激素类药物，抑制囊肿生长，缓解痛经症状，适合症状较轻、有生育需求者。
3、手术治疗：适用于囊肿直径＞10厘米、有压迫症状、囊肿扭转破裂、恶性囊肿或药物治疗无效者。微创手术（腹腔镜）创伤小、恢复快，可保留卵巢功能，开腹手术适合囊肿较大、恶性程度较高者，必要时需切除卵巢、输卵管，彻底清除病灶。
治疗方案需结合超声、肿瘤标志物等检查结果，由医生评估后确定，核心是在治愈疾病的同时，最大程度保护生殖健康。