康复三个月后是否要自费，取决于自身是否有医保及康复项目、当地的医保政策等，无法一概而论，可能不需要自费，但也存在需要自费的情况。
1、可能不需要自费
若是自己有长期缴纳医保，自身主要是进行脑梗、偏瘫等中枢神经系统疾病及损伤的物理治疗、康复治疗等项目。由于病情较重、恢复需要较长时间，医疗保险基金有明确说明可支付其发病后六个月内的物理、康复治疗费用，或当地医保政策对于入院所产生的医疗费用均可部分报销，则不需要自费或全额支付；
2、需要自费的情况
但若当地医保有明确规定，对于除上述情况，因其他疾病进行物理、康复治疗的，医疗保险基金仅支付其发病后三个月内物理、康复治疗费用，则说明康复治疗超过三个月后的部分需要自费，不支持报销。而且这些情况只限于有入医保的患者，如果一开始就没有医保，则整个康复治疗的费用需要自己全额支付，需要考虑自身经济情况。
此外，因脑瘫首次进行康复治疗，其发生的康复医疗费用符合基本医疗保险范围，3岁以前基本医疗保险基金每年支付不超过6个月。3岁以后，每年支付不超过3个月。具体费用需要根据自身病情、就医情况、康复项目，以及年龄等进行综合评估。