肛肠囊肿在临床通常是指肛周脓肿，该病是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性疾病，属于细菌感染，是肛瘘的前身。
肛周脓肿属于肠道内细菌性感染，细菌进入肛窦致其发炎，堵塞肛腺开口，肛腺液流出受阻，引起肛腺感染。感染又通过肌间隙、淋巴管蔓延至肛周间隙，最后形成肛周脓肿。
肛周脓肿常位于肛门后方或侧方皮下间隙，本病多见于20-40岁男性，但是小儿的发病率也较高。主要症状为肛周持续性跳动性疼痛，全身感染性症状并不明显。病变处会有明显的红肿，伴有硬结和压痛，脓肿形成可有波动感，穿刺易抽出脓液。
出现肛周脓肿的人群，可以日常进行温水坐浴、局部理疗，配合医生使用广谱抗生素进行抗炎治疗。但是脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，而且治愈的方法也只有手术。
但是需要注意的是，肛周脓肿切开引流后，绝大多数患者(70%左右)会形成肛瘘。近年来，医院采用脓肿切开引流+一期挂线术，可避免肛瘘的形成，多能取得较好的临床效果。