夫妻双方长时间分居的后果可能有影响双方感情、婚姻不稳定、影响孩子成长、引起身体疾病、引起心理疾病等。如果夫妻双方分居后出现相关疾病，建议及时前往医院咨询医生，并在医生的帮助下改善双方的生活方式。
1、影响双方感情
夫妻双方长时间分居会使双方缺乏交流，进而增加夫妻的陌生感和距离。此外在需要另一半陪伴和支持的时候，这个角色的缺失也会对夫妻感情产生影响；
2、婚姻不稳定
夫妻长时间分居的情况下，夫妻双方正常的生理需求可能得不到满足，可能为满足正常的生理需求而出现背离婚姻契约的行为，导致双方的婚姻关系不稳定；
3、影响孩子成长
孩子的健康成长，需要父亲和母亲两个重要角色的参与。无论是缺少母亲的陪伴，还是缺少父亲的陪伴，都可能对孩子产生不良的影响。比如女孩缺乏母亲的陪伴，就可能在月经生理方面得不到充分的认识，当然也因人而异；
4、引起身体疾病
夫妻双方长时间分居，双方可能都会缺乏正常的性生活。长此以往，可能会出现内分泌异常、性功能障碍等情况，但并不是所有人群分居之后都会出现此种现象；
5、引起心理疾病
夫妻双方长时间分居是日常生活中比较常见的应激源，可能会导致家庭成员之间的关系紧张。长此以往可能会出现一定的心理问题，如焦虑、抑郁等等。
在打算分居之前，需要做好充分的准备。在分居的过程中，也可以增加双方的联系，以增进感情。