抗线粒体抗体M2阳性是否严重，要根据具体情况进行分析。抗线粒体抗体M2是自身免疫性肝病的抗体，同时也是原发性胆汁性肝硬化的特异性标志物。
1、严重：如果是原发性胆汁性肝硬化病或其他肝脏疾病导致抗线粒体抗体M2阳性，若此时伴有肝功能损伤，则情况可能比较严重。需要患者积极配合治疗，否则可能导致肝功能严重受损，甚至出现肝纤维化、肝硬化等严重后果，影响到患者的生命健康；
2、不严重：在某些乙肝表面抗原阴性的肝炎患者中，抗线粒体抗体M2也可能会出现阳性，此时如果积极进行抗病毒、保肝治疗，可能不会对肝脏功能造成较大的损伤，相对而言不算严重。