普济消毒饮方歌为“普济消毒蒡芩连，甘桔蓝根勃翘玄，升柴陈薄僵蚕入，大头瘟毒服之痊。”
1、普济消毒蒡芩连
此句点明方中核心清热药物。牛蒡子（方歌中“蒡”所指）疏散风热、利咽散结；黄芩、黄连苦寒直折，清上焦头面热毒。三药相伍，针对风热疫毒壅滞头面的核心病机，共奏清热解毒之效，为方中主药。
2、甘桔蓝根勃翘玄
甘草、桔梗清利咽喉，为治疗咽喉肿痛之常用药对；板蓝根清热解毒、凉血利咽；马勃（方歌中“勃”所指）清肺利咽、解毒止血；连翘清热解毒、消肿散结；玄参清热凉血、滋阴降火、解毒散结。诸药协同，增强清热解毒、利咽散结之力，针对疫毒上攻所致咽喉不利、肿痛等症状。
3、升柴陈薄僵蚕入
升麻、柴胡疏散风热，引药上行，使药力直达头面；陈皮理气和中，疏散邪热郁结，防止苦寒药伤胃；薄荷辛凉宣透，疏散风热；僵蚕祛风定惊、化痰散结，可助疏散风热、通络止痛。诸药合用，疏风透邪、通络止痛，使疫毒从表而解。
4、大头瘟毒服之痊
此句点明本方主治，大头瘟乃感受风热疫毒之邪，壅于上焦，发于头面所致，以头面红肿焮痛、恶寒发热、舌红苔黄、脉浮数等为主要表现。普济消毒饮全方配伍严谨，具有清热解毒、疏风散邪之功，对大头瘟毒之证有显著疗效，服之可使疫毒得清、症状得痊。
普济消毒饮为治疗大头瘟之经典方剂，临床应用时需准确辨证。若患者兼见正气不足，可酌情加用人参以扶正祛邪；若大便秘结，可加大黄以泻热通便。但需注意，本方苦寒药较多，易伤脾胃，脾胃虚寒者应慎用，或在医生指导下调整用药。