百日咳核酸阴性，可能说明进入恢复期，也可能是检查较早、检查方法不规范引发的假象。建议结合整体情况进行判断，或就医进行咨询。
百日咳是一种由百日咳鲍特菌引起的急性呼吸道传染病，其特点为阵发性痉挛性咳嗽，并伴有鸡鸣样吸气性吼声。在百日咳的治疗过程中，核酸检测是判断病原体存在与否的重要手段，当百日咳核酸检测结果为阴性时，通常表明在检测样本中未检测到百日咳鲍特菌的存在，临床通常认为病情已经好转，甚至可能已经痊愈。
但是核酸检测阴性并不等同于病原体完全清除，百日咳鲍特菌可能仍存在于患者体内某些部位，只是数量较少或未达到检测阈值。如果在检查期间时间不对、方法不规范等，就可能导致检查误差，因此需要结合其他情况进行判断。通常进入恢复期的百日咳患者临床症状会有明显的改善，包括咳嗽频率的减少、咳嗽强度的减弱、体温恢复正常等。
此外，患者的精神状态也会逐渐好转，食欲增加，体力逐渐恢复。这些临床表现的改善是判断患者是否进入恢复期的重要依据。即使核酸检测结果为阴性，患者仍不能掉以轻心，因为该病病程较长，且易反复发作。因此患者仍需继续接受一段时间的治疗和观察，以确保病情得到彻底控制。