肠胃镜检查包含胃镜和肠镜检查，其所需时间并不固定。一般而言，胃镜检查顺利时大概需5-15分钟，若涉及活检等操作，时间可能超15分钟；肠镜检查通常在15-45分钟，若遇肠道结构复杂或需进行治疗，时长可能超过1小时。多种因素会对检查时长产生影响。
- 胃镜检查时，医生会经口腔将胃镜插入，对食管、胃和十二指肠依次观察。若受检者配合度高，胃肠道结构正常且无病变，5分钟左右即可完成检查。但要是受检者咽部敏感，胃镜通过咽部时引发严重恶心、呕吐，阻碍推进，又或者胃肠道内黏液、食物残渣多，医生需花时间清理以保证视野清晰，检查时间就会延长至10-15分钟。一旦检查中发现息肉、溃疡等可疑病变，医生需进行活检，取病变组织做病理检查，活检操作通常会额外耗费5-10分钟，致使整体胃镜检查时间超过15分钟。
- 肠镜检查是把肠镜从肛门插入，沿直肠、结肠深入至回盲部。若肠道准备充分，肠管走行顺畅且无病变，检查时间可能在15-20分钟。可实际上，部分受检者肠道冗长、迂曲，肠镜推进易出现袢曲，医生得小心调整方向、缓慢推进，这会让检查时间大幅增加，延长至30-45分钟。
同样，若检查时发现病变需活检，或者要进行内镜下息肉切除等治疗，检查时间会显著增长。小息肉切除可能仅需几分钟，可较大、位置特殊的息肉切除，可能要半小时甚至更久，加上前期检查时间，整体肠镜检查就可能超过1小时。
肠胃镜检查的前后注意事项
1、检查前：胃镜检查前需禁食6-8小时，确保胃内空虚，以便医生清晰观察胃黏膜。若进食后检查，食物会遮挡视野，影响诊断准确性。肠镜检查前1-2天应进食少渣、半流质食物，如米粥、面条等，检查前4-6小时需服用泻药清洁肠道，直至排出物为清水样，肠道清洁不彻底会严重干扰检查效果。
2、检查后：胃镜检查结束后禁食2小时，待咽部麻醉药效消退后再进食温凉流食或半流食，避免食用过热、过硬食物损伤咽喉及胃黏膜。肠镜检查后，若未进行活检或治疗，可正常饮食，若取了活检，需禁食2小时后再进食少渣饮食1-2天。若检查后出现腹痛、腹胀加剧或便血等异常情况，应及时告知医生。