生脉散并非适用于所有人群，其主要禁忌有实热证人群、痰湿内盛者、外感初期患者、脾胃虚寒者、孕妇及哺乳期女性等，需在中医指导下应用。
1、实热证人群：
实热证表现为高热、面红目赤、口渴喜冷饮、大便干结、小便短赤、舌红苔黄、脉数等。生脉散以补敛为主，人参大补元气，麦冬、五味子滋阴敛液，若实热证患者服用，犹如“闭门留寇”，会使体内邪热无法宣泄，导致发热、烦躁、口疮等症状加剧。
2、痰湿内盛者：
痰湿体质者常形体肥胖，伴有胸闷腹胀、口中黏腻、舌苔厚腻、脉滑等表现。生脉散中麦冬、五味子味甘性润，易助湿生痰，人参补气壅滞气机，会使痰湿更难运化。服用后可能出现脘腹胀满加重、食欲不振、恶心呕吐等症状，甚至导致痰湿阻滞经络，引发肢体困重、头身昏沉。痰湿内盛应以健脾祛湿、化痰理气为治则，而非使用生脉散滋腻之品。
3、外感初期患者：
感冒、发热等外感疾病初起时，病邪在表，治疗应以解表祛邪为主。生脉散具有收敛之性，若此时服用，会阻碍表邪外散，使邪气郁闭于体内，导致病情缠绵难愈，或引发高热不退、咳嗽加剧等变证。
4、脾胃虚寒者：
脾胃虚寒者常见胃脘冷痛、喜温喜按、食少便溏、四肢不温等症状。生脉散中麦冬甘寒滋润，易损伤脾胃阳气，五味子酸敛，可影响脾胃运化功能，人参补气但性偏温燥，与虚寒之性不合，反而会加重脾胃负担。服用后可能出现腹痛加剧、腹泻频繁、消化不良等问题，进一步损伤脾胃阳气。
5、孕妇及哺乳期女性：
孕妇体质特殊，用药需谨慎。生脉散虽为益气养阴之剂，但方中人参补气之力较强，可能影响胎儿气机。麦冬寒凉，恐伤胎气。五味子酸敛，有收涩之性，或有碍胎儿生长。哺乳期女性服用后，药物成分可能通过乳汁传递给婴儿，婴儿脾胃稚嫩，难以承受药物偏性，可能出现腹泻、拒乳等不良反应。
在使用生脉散或含生脉散成分的制剂时，需由中医师辨证体质与病情，明确是否为气阴两虚证。不可盲目将生脉散作为日常保健品服用，尤其是体质壮实或有实邪者。服药期间，避免食用生冷、油腻、辛辣食物，如冷饮、油炸食品、辣椒等，以防加重脾胃负担，影响药物吸收。痰湿较重者，应减少甜食、肥腻食物摄入，以免助湿生痰。