怀孕三周打掉胎儿方式多样，药物流产可避免手术损伤但可能不完全流产，人工流产负压吸引术有风险需技巧，超导可视人工流产术更精准，宫腔镜下人工流产术损伤小但要求高，要综合个体情况选择。
1、药物流产：在怀孕早期可以选择药物流产，怀孕三周左右如果符合条件，可使用药物来终止妊娠。药物流产主要是通过药物使子宫收缩，让胚胎组织排出体外，其优点在于避免了手术器械对子宫的直接损伤，但存在一定的不完全流产几率，后续可能需要清宫处理。
2、人工流产负压吸引术：人工流产负压吸引术适用于怀孕10周以内的情况，手术时利用负压将胚胎从子宫吸出，不过在怀孕三周时胚胎较小，手术操作需要医生有较高的技巧，因为此时子宫也相对较软，操作不当可能导致子宫穿孔等严重并发症。
3、超导可视人工流产术：超导可视人工流产术在人工流产负压吸引术的基础上，增加了超声引导。在怀孕三周时，通过超声可以更清晰地看到胚胎的位置，使手术操作更加精准，能有效减少对子宫的损伤和降低并发症的发生概率，但这种手术方式的费用相对普通人工流产会高一些。
4、宫腔镜下人工流产术：宫腔镜下人工流产术可以直接观察宫腔内的情况，对于怀孕三周的孕妇来说，可以更精确地去除胚胎组织。这种方式对子宫内膜的损伤是最小的，能最大程度地保护子宫的生育功能，对手术设备和医生的专业技术要求非常高，并且手术费用昂贵。
无论选择哪种流产方式，流产后都要注意休息，保证充足的睡眠，避免接触冷水和受寒注意保暖。饮食上多补充富含蛋白质、铁、维生素等营养物质的食物，流产后的一段时间内要避免性生活防止感染，同时要调整好心态，避免过度焦虑和抑郁。