间质瘤的死亡率并非几乎为零，虽然相较于部分恶性程度高的肿瘤，间质瘤存在低风险、预后较好的情况，但因其具有潜在恶性，不同危险度分级、患者个体差异以及治疗情况等因素，都会导致死亡率存在较大差异，不能一概而论地认为其死亡率几乎为零。
从间质瘤的危险度分级来看，根据肿瘤大小和核分裂象计数，间质瘤被分为极低危、低危、中危和高危。极低危和低危的间质瘤，肿瘤体积较小，生长缓慢，核分裂象少，完整切除后复发转移风险低，患者长期生存率高，死亡率相对较低。然而，高危间质瘤则不同，这类肿瘤体积较大，核分裂象多，侵袭性强，即便经过手术切除，术后复发和远处转移的概率较高，一旦复发转移，治疗难度增大，严重影响患者生存期，死亡率也会显著上升，并非为0。
治疗方案的选择和实施效果也对间质瘤患者的死亡率有重要影响。手术切除是间质瘤的主要治疗手段，完整切除肿瘤是降低复发风险的关键。但如果手术无法达到R0切除（即肿瘤肉眼和显微镜下均无残留），残留的肿瘤细胞会成为复发根源，进而导致患者预后变差，死亡率升高。此外，对于不能手术切除或术后复发转移的间质瘤患者，药物治疗起着关键作用。酪氨酸激酶抑制剂（如伊马替尼）的应用显著改善了间质瘤患者的生存情况，但部分患者会出现耐药现象，一旦耐药，病情进展迅速，死亡率随之增加。
患者自身的身体状况和基础疾病同样会影响间质瘤的死亡率。老年患者或合并心脑血管疾病、肝肾功能不全等基础疾病的人群，对手术、药物治疗的耐受性差，治疗过程中可能出现严重并发症，影响治疗效果和患者预后。比如合并严重心脏病的间质瘤患者，可能无法耐受手术创伤，或在药物治疗过程中因心脏负担加重出现严重不良反应，这些情况都会增加患者的死亡风险。