男孩子阴茎疼可能是由于外部刺激、局部感染、泌尿系统结石或外伤等原因引起，不同原因导致的疼痛程度和症状有所不同。
1、外部刺激：男孩子阴茎可能会因为外部的一些轻微刺激而产生疼痛，如内裤过紧，会对阴茎造成持续的压迫，时间一长就可能引起疼痛，剧烈运动时不小心的碰撞或者摩擦，也可能导致阴茎疼痛。
2、局部感染：如果不注意个人卫生，包皮内可能会滋生细菌，引发包皮炎或龟头炎，阴茎会出现红肿、疼痛、瘙痒等症状，尿道炎也可能引起阴茎疼痛，还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
3、泌尿系统结石：如果男孩子患有泌尿系统结石，也可能导致阴茎疼痛。当结石在泌尿系统中移动时，可能会刺激输尿管、膀胱等部位，引起放射性疼痛，有时会放射到阴茎部位。疼痛通常比较剧烈，且可能伴有血尿等症状。
4、外伤：较为严重的外伤也可能引起男孩子阴茎疼痛，阴茎受到外力的猛烈撞击、挤压等，可能会导致阴茎挫伤、断裂等严重损伤，疼痛会非常剧烈，可能伴有大量出血、肿胀等症状，需要立即就医治疗。
男孩子出现阴茎疼痛时，家长应引起重视，及时带孩子就医。平时要注意孩子的个人卫生，勤换内裤，保持局部清洁。避免孩子进行过于剧烈的运动，防止意外受伤。如果孩子有泌尿系统疾病，应积极治疗，防止病情加重，还要教育孩子正确认识自己的身体，避免不良行为对阴茎造成伤害。