11岁男孩生殖器官小可能是多种原因导致，可能是发育阶段差异，还没进入快速发育期；还可能是受遗传影响、肥胖掩盖等，这些因素都可能有作用。
1、发育阶段差异：11岁男孩大多处于青春期前期，男孩青春期发育时间有个体差异，有的孩子发育较晚，生殖器官的快速发育阶段可能还没到来，这是正常的生理现象，一般男孩的青春期在12-14岁才开始全面启动，在这之前生殖器发育相对缓慢。
2、遗传因素：遗传在生殖器官的大小发育中起着重要作用，如果家族中的男性普遍存在青春期发育较晚或者生殖器大小处于正常范围下限的情况，这个男孩也可能受到遗传影响。
3、肥胖因素：现在儿童肥胖问题较为常见，如果男孩过度肥胖，耻骨前脂肪会堆积，从外观上看生殖器官就会显得比较小，因为脂肪会掩盖部分生殖器，使其看起来没有实际大小那么大。
4、营养因素：营养不良可能会对生殖器官发育产生不利影响，如果孩子长期缺乏蛋白质、锌等重要营养素，会阻碍身体包括生殖器官的生长发育，锌是人体许多酶的组成成分，对性腺发育等有重要作用，缺乏锌可能会导致生殖器官发育迟缓。
5、内分泌因素：人体的生殖器官发育受多种激素调节，如果下丘脑-垂体-性腺轴功能异常，比如促性腺激素分泌不足，会影响睾丸等生殖器官的正常发育，这可能是由于某些先天性疾病或者后天的脑垂体损伤等原因引起的。
若发现11岁男孩生殖小，家长先别慌乱，冷静观察孩子整体发育，留意有无其他异常体征，若伴有隐睾、发育滞后等，要及时带孩子前往正规医院儿科或泌尿外科，详述家族病史、成长情况，配合全面检查诊断病因。
11岁男孩生殖小的生活注意事项
- 避免孩子因外观有心理负担，告知正处发育阶段，个体有差异正常，家长常交流、鼓励，给予正向心理暗示，以免心理压力阻碍发育。
- 鼓励多参与体育运动像打篮球、跳绳、游泳等，运动能促进血液循环，让身体各器官包括生殖器官获得更充足养分。每周至少进行3-4次、每次30分钟以上运动，利于身体代谢，助力生殖器健康成长。
- 教导孩子每日清洗外生殖器，用清水冲洗即可，翻开包皮清洁污垢，保持清洁可防感染，减少炎症对生殖器发育干扰。
- 限制接触色情影像书籍，防止性早熟致内分泌失衡，干扰正常青春期发育进程，确保生殖系统按自然节奏成熟。