支原体和病毒在大小上存在显著的差异，支原体相对较大，病毒则较小，两者的大小影响着各自的生物特性。
1、支原体：大小约为0.1-0.3μm，这使其能够被观察到具有一定的形态和结构。支原体是一种原核细胞型微生物，没有细胞壁，但具有高度多形性，可以通过二分裂或出芽方式进行繁殖。支原体拥有细胞膜、细胞内的核糖体、RNA和环状DNA，这些都构成了其相对复杂的结构；
2、病毒：病毒的大小明显更小，大多数病毒的直径在20-200nm，甚至有些病毒的直径会超过这个范围，支原体的大小至少是病毒的几倍到几十倍。病毒则是由蛋白质外壳和内部的核酸（DNA或RNA）组成，结构相对简单，并且病毒自身不能进行新陈代谢和繁殖，必须依赖宿主细胞来完成这些生命活动。
此外，支原体和病毒在生物学特性和致病性方面也存在差异。支原体广泛存在于人和动物体内，大多不致病，但肺炎支原体等可能引发疾病。病毒则因其极小的体积和寄生性，能够侵入几乎所有的生物体，引发各种病毒感染。