慢性咳嗽之所以棘手，是因为其病因多样，涉及呼吸系统乃至全身。临床诊断常遵循一个清晰的思路，其中最常见的几类病因占了绝大多数。了解这些可能的方向，能与医生更好地沟通协作。
1、上气道咳嗽综合征：这是成人慢性咳嗽最常见的病因之一。过去称为“鼻后滴漏综合征”。由于鼻炎、鼻窦炎等疾病产生的分泌物倒流至咽喉部，刺激咳嗽感受器引发咳嗽。患者常感觉有东西从鼻咽部流下，需频繁清嗓，可伴有鼻塞、流涕。咳嗽以白天为主，平躺时可能加重。
2、咳嗽变异性哮喘：一种特殊类型的哮喘，咳嗽是其唯一或主要症状，通常没有典型的喘息和呼吸困难。其本质是气道存在慢性炎症和高度敏感性。咳嗽多为刺激性干咳，在夜间、凌晨、运动、吸入冷空气或异味后明显加重。使用常规止咳药无效，但对支气管扩张剂或吸入性激素反应良好。
3、胃食管反流性咳嗽：胃酸和其他胃内容物反流至食管，甚至到达咽喉部，刺激迷走神经或直接损伤气道黏膜而引发咳嗽。咳嗽多在日间和直立位时发生，进食后、饱餐后或平躺时易诱发。常伴有反酸、烧心、胸骨后灼热感，但也有一部分患者完全没有消化道症状，称为“沉默性反流”。
4、嗜酸粒细胞性支气管炎：另一种非哮喘性的气道炎症性疾病。临床表现为慢性刺激性干咳，同样对油烟、灰尘、冷空气敏感。其诊断关键在于痰液中嗜酸粒细胞比例增高，但肺通气功能和气道激发试验正常。对吸入性糖皮质激素治疗反应良好。
5、其他重要原因：包括但不限于：支气管扩张症、慢性支气管炎、药物性咳嗽（如某些降压药ACEI类）、心理性咳嗽、以及气管或支气管的占位性病变等。因此，全面的评估至关重要。
慢性咳嗽的诊断是一个“侦查”过程，医生会详细询问病史，并结合胸部X光或CT、肺功能（包括激发试验）、鼻咽喉镜、24小时食管pH值监测等检查来逐一排查，最终锁定病因。只有找准“病根”，治疗才能有的放矢。