肛周脓肿手术并非都从肛门内开刀，浅部脓肿多选择肛周皮肤切口，深部或复杂脓肿可能需联合肛门内切口。手术入路的核心是兼顾引流效果与功能保护，患者无需过度关注切口位置，遵医嘱完成术前检查与术后护理即可保障疗效。
肛门周围皮下脓肿是最常见的类型，这类脓肿位置表浅，距离肛门较近，手术通常无需从肛门内开刀。医生会在脓肿最隆起、波动最明显的皮肤表面做切口，通过该切口彻底排出脓液，之后放置引流条促进愈合，手术操作相对简单，对肛门功能影响较小。
坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠间隙脓肿等深部脓肿，由于位置深在，距离肛门较远且可能与肛门内的感染源相通，手术入路选择更为复杂。若脓肿与肛腺感染直接关联，医生可能会在肛门内的相应位置做辅助切口，以处理内口、阻断感染源头，同时在肛周皮肤做切口引流脓液。
对于一些复杂的肛周脓肿，尤其是存在多个脓腔或内口明确的情况，手术往往需要采用联合入路，即同时在肛门内和肛周皮肤开刀。肛门内的切口用于处理原发感染灶，肛周皮肤的切口用于充分引流脓液，这种方式能更彻底地清除病灶，有效降低术后形成肛瘘的概率。
手术入路的选择还需兼顾肛门括约肌的保护，肛门内开刀若操作不当，可能损伤肛门内括约肌或外括约肌，影响肛门的控便功能。因此，医生在制定手术方案时，会通过肛门指检、超声等检查明确脓肿边界与括约肌的关系，精准设计切口位置和深度。
此外，脓肿是否存在内口是决定是否从肛门内开刀的关键因素之一，肛周脓肿多由肛腺感染引发，感染的肛腺开口即内口，若不处理内口，术后极易复发或形成肛瘘。当内口明确且位于肛门内时，从肛门内开刀处理内口是必要的治疗步骤。