西地碘只建议用三天，是出于疗效、不良反应、菌群平衡等多方面的考量。一般情况下，西地碘用于治疗口腔、咽喉部位的炎症，在用药后的1-2天内，它释放的碘分子就能迅速作用于病灶，有效抑制并杀灭口腔、咽喉内的细菌、病毒等病原体，快速减轻炎症反应，缓解咽喉疼痛、红肿等不适症状。若使用三天后症状仍未改善，说明西地碘对当前病症的治疗效果不佳，继续使用不仅无法缓解病情，还会耽误后续治疗，此时应及时就医调整治疗方案。
从不良反应的角度来看，西地碘虽然是局部用药，但随着用药时间的延长，不良反应发生的概率和程度会逐渐增加。在用药2-3天后，部分患者可能会出现口内金属味、咽喉烧灼感等不适，这是药物刺激口腔和咽喉黏膜所致。若继续使用，症状可能加重，甚至引发过敏反应，出现皮疹、瘙痒等症状，严重时还可能影响呼吸、吞咽等功能，威胁身体健康。
此外，口腔内存在着复杂的微生物生态系统，各种菌群相互制约，维持着口腔微生态平衡。西地碘在发挥杀菌作用的同时，也会对口腔内的正常菌群产生影响。大约在用药三天后，就可能打破这种平衡，使原本处于劣势的真菌等微生物大量繁殖，引发如鹅口疮等新的感染性疾病。一旦菌群失调，恢复过程相对缓慢，还需额外治疗干预。
为了在保证治疗效果的同时，将药物不良反应和对口腔微生态的影响降至最低，所以临床上通常建议西地碘的使用时间不超过三天。若病情特殊，需要延长用药时间，必须在医生的严格指导和密切观察下进行。