梦遗后小便时尿道疼痛的原因比较多，从生理性的精液残留刺激，到尿道轻微损伤，再到尿道炎、前列腺炎等疾病，甚至是尿路结石等。
1、生理性因素：梦遗后精液可能残留在尿道内，当小便时，精液与尿液混合，对尿道产生刺激，从而引起短暂的疼痛，通常疼痛较轻微，且很快会自行缓解。
2、尿道轻微损伤：梦遗过程中，阴茎勃起和射精动作可能导致尿道黏膜受到轻微的摩擦或损伤。损伤一般较小，但在小便时尿液的冲刷会刺激损伤部位，引起疼痛。
3、尿道炎：如果本身患有尿道炎，梦遗可能会加重尿道的炎症反应，尿道炎通常由细菌、支原体、衣原体等病原体感染引起，炎症会导致尿道黏膜充血、水肿，小便时尿液刺激炎症部位，引起明显的疼痛，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。
4、前列腺炎：前列腺炎患者在梦遗后也可能出现小便尿道疼痛的症状，前列腺与尿道相邻，当前列腺发生炎症时会影响尿道的功能。梦遗可能导致前列腺充血，加重炎症，进而引起尿道疼痛，可能伴有会阴部坠胀、腰骶部酸痛等表现。
5、尿路结石：如果存在尿路结石，梦遗时的生理变化可能导致结石位置移动，刺激尿道黏膜。当小便时结石进一步摩擦尿道，引起剧烈疼痛，还可能出现血尿等症状。
如果梦遗后小便尿道疼痛的症状持续不缓解或逐渐加重，应及时就医，进行相关检查，如尿常规、前列腺液检查、泌尿系统超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。