月经第三天发生性行为的处理方法包括注意清洁卫生、观察身体症状、就医检查评估及预防再次发生等，重视女性生殖健康，正确对待性行为，才能更好地保障身体健康。
1、注意清洁卫生：如果在月经第三天发生了性行为，要格外注意清洁卫生，及时用温水清洗外阴部，保持局部的清洁干燥，防止细菌滋生。使用温和的清洁产品，避免刺激性强的洗液，有助于减少感染的风险。因为月经期女性的生殖系统较为脆弱，容易受到外界细菌的侵袭。
2、观察身体症状：需要密切观察身体症状，注意是否出现腹痛、发热、白带异常增多、异味等情况，这些可能是感染的征兆。如果出现轻微的不适，可以先注意休息，多喝温水，促进身体的代谢。但如果症状持续加重或不缓解，应及时就医进行进一步的检查和诊断。
3、就医检查评估：若出现明显的不适症状，应尽快就医，医生可能会进行妇科检查、血常规、白带常规等检查，以评估是否发生了感染以及感染的程度。根据检查结果医生会制定相应的治疗方案，可能包括使用抗生素、抗炎药物等。
4、预防再次发生：发生此次事件后，应吸取教训，避免在月经期再次发生性行为。向双方强调月经期性行为的风险，做好性健康知识的普及。在非月经期的性行为中，也要注意做好避孕措施和卫生防护，降低感染和意外怀孕的风险。
女性在月经期要特别注意自我保护，避免性行为等可能增加感染风险的行为，男性也应尊重女性的生理周期，共同维护双方的健康。