肾囊肿通常不能自愈。肾囊肿是肾脏内出现的囊性肿物，其形成与肾小管憩室膨大、遗传因素等相关。由于囊肿一旦形成，结构较为稳定，缺乏促使其自行消失的生理机制，因此自然消退的可能性极小。
单纯性肾囊肿主要因肾小管憩室逐渐膨大，随着时间推移，憩室与肾小管的连接部逐渐闭合，形成独立的囊肿结构。囊肿壁由上皮细胞组成，会持续分泌囊液，使得囊肿不断增大。这种由结构改变导致的囊肿，没有特定的生理信号或机体修复机制能使其上皮细胞停止分泌，囊壁也不会自行吸收或消失。
遗传性肾囊肿疾病，如多囊肾，受基因突变影响，肾脏内会不断出现新的囊肿，且囊肿数量和体积会随年龄增长而增加，更不可能自愈。
肾囊肿的病理特性也决定其难以自愈，囊肿形成后，内部充满液体，外部有囊壁包裹，与周围正常肾组织形成相对隔离的状态。这种封闭结构使得囊肿难以与机体正常的代谢和修复过程产生有效关联。即使机体的免疫和修复系统能够识别囊肿，也缺乏可以有效作用于囊肿使其缩小或消失的手段。并且随着囊肿增大，可能会压迫周围肾组织，造成肾实质萎缩，这种由压迫导致的肾组织结构和功能改变，进 一步表明囊肿无法通过机体自身调节恢复正常。
虽然肾囊肿无法自愈，但并非所有囊肿都需要立即干预。较小且无症状的肾囊肿，对肾脏功能和周围组织无明显影响时，可定期复查监测其变化。而当囊肿体积较大、出现压迫症状或影响肾功能时，则需要通过手术、穿刺抽液等医疗手段进行处理。