HPV感染的治疗通常需要综合方法，包括药物治疗、物理治疗、手术治疗以及增强自身免疫力等，并没有特效中药秘方。而且中药在HPV感染的治疗中主要起到辅助作用，可以在专业中医师的指导下使用，但并不能保证根治。
1、药物治疗：
- 免疫调节剂药物：主要用于HP低危型感染症状，如尖锐湿疣。常用药物包括他克莫司乳膏、咪喹莫特乳膏等，这些药物具有抑制病毒、抵抗病毒引起的细胞增生等功效。
- 抗病毒药物：常用的广谱抗病毒药物有利巴韦林、阿昔洛韦等，这些药物可以在一定程度下杀死HPV病毒。重组人干扰素α2b阴道泡腾胶囊也是抗病毒药物的一种，采用阴道栓塞的方法进行用药，适用于女性患者。
- 中药辅助治疗：中药如黄连、板蓝根、金银花、蒲公英、白鲜皮等具有抗病毒、抗炎作用，可以辅助治疗HPV感染。黄连能抑制HPV复制，板蓝根有清热解毒功效，金银花对多种微生物有抑制作用，蒲公英和白鲜皮则能抑制HPV的繁殖和复制。
2、物理治疗：
- 激光治疗：利用激光产生的热能量直接照射在病变部位，促使病灶逐渐坏死、脱落，达到治疗目的。
- 冷冻治疗：利用低温直接作用于病变组织部位，使病变组织逐渐坏死、脱落。
- 高频电刀治疗：通过高频电压与皮肤病变部位直接接触，对组织进行加热，使病变组织分离及凝固，进而坏死、脱落。
3、手术治疗：
- 宫颈锥形切除术：适用于女性患者，当存在HPV病毒感染并伴有宫颈糜烂、宫颈息肉等病变时，且药物治疗无效或效果不佳时，可考虑此手术。
- 宫颈消融术：包括激光、微波、冷冻等多种方式，利用高温将蛋白质局部杀死，使宫颈组织坏死后脱落。
- 高频电刀和液氮冷冻术：对于已经出现较大疣体的女性患者，可选择高频电刀进行切除治疗，或液氮冷冻术使病变组织迅速坏死、脱落。
此外，常用于治疗HPV感染或具有相关辅助治疗作用的中药有薏苡仁、白花蛇舌草、半枝莲等，还有一些中成药如安宫牛黄丸、双花百合散等，也被认为对HPV感染有一定的辅助治疗作用。但这些药物均需在专业医师的辨证论治后使用，不建议自行用药。