由于子宫增大牵拉、肠胃蠕动变化导致怀孕三个月肚子有点微微痛是正常的情况，由于先兆流产导致的，则是不正常的，孕妇需要仔细观察疼痛的特点及伴随症状，以便及时就医判断，确保孕期的安全与健康。
1、子宫增大牵拉：怀孕三个月时，子宫开始逐渐增大并超出盆腔，这个过程中会对周围的韧带和肌肉产生牵拉作用，例如圆韧带，从子宫两侧延伸至腹股沟，随着子宫增大，圆韧带被不断拉伸，孕妇就会感觉到下腹部一侧或双侧出现轻微的牵扯痛，是孕期的正常生理变化。
2、肠胃蠕动变化：怀孕后孕妇体内的激素水平发生改变，会影响肠胃的蠕动功能，胃肠道蠕动减慢或者出现不规律的蠕动时，可能引起腹部的轻微不适，表现为肚子微微痛，这种疼痛通常是间歇性的，没有其他伴随症状，一般不需要特殊处理，通过调整饮食和适当活动可以缓解。
3、先兆流产：如果肚子微微痛的同时伴有阴道少量出血或者褐色分泌物，可能是先兆流产的表现，可能是由于胚胎发育异常、孕妇体内激素水平不稳定、子宫受到外力撞击等多种因素引起的，孕妇过度劳累、精神紧张等也可能诱发先兆流产，导致腹部疼痛。
孕妇在孕期要保持良好的生活习惯，避免剧烈运动和过度劳累，注意饮食的均衡和卫生，避免食用不洁食物或刺激性食物，如果肚子疼痛持续不缓解或者加重，应立即就医进行详细的检查和诊断，同时要按照医生的要求定期进行产前检查。