腘窝囊肿的形成是多种因素共同作用的结果，包括原发性因素和继发性因素，了解这些病因对于腘窝囊肿的预防、诊断和治疗都有着重要的意义。
1、原发性因素：
- 先天性因素：在胚胎发育过程中，膝关节后方的滑膜结构可能存在发育异常，一些人天生滑膜组织就比较薄弱，或者滑膜腔隙的分隔结构不完善，导致滑膜液容易在局部积聚，形成囊肿，例如部分婴儿出生时就可能存在潜在的腘窝囊肿形成倾向，随着生长发育，在一定诱因下就可能发展为明显的腘窝囊肿。
- 年龄相关的退变：随着年龄的增加，膝关节的关节囊、滑膜等组织会发生退变，关节滑膜的分泌功能和吸收功能逐渐失衡，滑膜分泌的滑液增多，而吸收能力下降，当滑液产生过多时，就容易在此处积聚形成囊肿，老年人常见的关节软骨磨损、骨质增生等情况，也会刺激滑膜，导致滑膜炎症反应，进一步促使囊肿的形成。
2、继发性因素：
- 关节疾病：膝关节的炎性疾病是导致腘窝囊肿的重要原因，例如类风湿关节炎，这种自身免疫性疾病会侵犯膝关节的滑膜组织，滑膜在炎症因子的刺激下，血管通透性增加，大量炎性渗出物产生，同时滑膜细胞会异常增生，分泌过多的滑液，这些滑液容易流向压力相对较低的腘窝处的滑膜囊并积聚起来。
- 创伤因素：膝关节受到急性创伤如扭伤、撞击伤等，可能损伤关节内的滑膜组织，受伤后的滑膜会出现充血、水肿，滑液分泌增多，如果创伤导致关节内的压力平衡被打破，滑液就可能流向腘窝的滑膜囊，例如运动员在剧烈运动时膝关节受伤后，若没有得到及时、有效的治疗，后期就可能出现腘窝囊肿。
腘窝囊肿的治疗方法多样，对于较小且无症状的囊肿，可采取保守治疗，包括休息、避免过度活动膝关节，可辅助物理治疗如热敷、按摩等以促进局部血液循环，减轻炎症反应，药物治疗方面，使用非甾体抗炎药可缓解疼痛与炎症，而对于较大囊肿或症状明显者，多采用手术治疗，如传统开放性手术切除囊肿或关节镜下囊肿切除及相关病变处理，术后需积极康复锻炼。