肠胃炎引起的疼痛部位并不固定，但主要集中在上腹部和脐周。如果患者出现持续性的腹痛，需要注意排除其他的急腹症，如急性胰腺炎、阑尾炎等。
1、上腹部疼痛：疼痛多位于上腹部、剑突下，这种疼痛可能由胃炎所引起，表现为隐痛、钝痛、绞痛、胀痛、灼痛等多种痛感。疼痛可能是由于炎症或溃疡刺激胃壁神经，导致胃的平滑肌痉挛而产生的。
2、脐周疼痛：肠炎导致的疼痛多位于肚脐周围以及下腹部，可位于左下腹或右下腹，通常为阵发性疼痛，如绞痛、胀痛、坠痛等，这种疼痛可能与肠道的炎症和蠕动增加有关。
在发热时，肌肉细胞无氧酵解产生乳酸，堆积在肌肉中未能及时消耗，可能引起肌肉酸痛。发热时体温调节中枢功能出现障碍，体温上升，脑部血管扩张可能导致头部疼痛。长期肠胃炎导致的营养不良可能引发口腔溃疡，引起口腔疼痛。