新生儿身体较为脆弱，进行核磁共振检查时，对新生儿是否有害需要分情况来看。一般情况下，如果操作得当且必要时进行检查，其利大于弊，但在特殊情况下也可能存在一定风险。
1、无造影剂的常规检查：
核磁共振成像的原理是利用磁场和射频脉冲来获取身体内部的图像，不涉及电离辐射，与X射线、CT检查有本质区别。对于新生儿来说，在没有使用造影剂的常规MRI检查中，仅仅是处于磁场环境下，不会对身体细胞产生损害，是一种相对安全的检查手段，能帮助医生准确判断新生儿脑部等器官的发育状况和是否存在病变等。
2、短时间检查：
如果检查时间较短，新生儿能够较好地适应检查环境，对新生儿的健康影响极小。在这种情况下，核磁共振检查为医生提供重要的诊断依据，有助于及时发现疾病并制定治疗方案，从长远看对新生儿的健康是有益的。
3、使用造影剂：
如果新生儿需要使用造影剂进行核磁共振检查，造影剂可能会引起一些不良反应。如造影剂可能会对新生儿的肾脏功能产生一定负担，尤其是对于本身肾脏发育尚未完全成熟的新生儿来说。不过，医生会在使用前权衡利弊，并且会密切监测新生儿的身体反应。
4、未做好准备工作：
如果在检查时没有对新生儿做好充分的准备工作，例如镇静措施不当导致新生儿在检查过程中过度活动，可能会影响图像质量，需要重复检查。另外新生儿如果身上带有金属物品进入磁场，可能会造成危险，如金属移位等伤害。
在考虑对新生儿进行核磁共振检查时，家长要积极配合医生做好各项准备工作。如果新生儿需要进行该项检查，要确保没有携带金属物品进入检查室。若需要使用造影剂，要详细了解可能存在的风险，并在检查后密切观察新生儿的反应。