男士生殖器长小疙瘩的原因多种多样，较为常见的是珍珠状阴茎丘疹、毛囊炎、尖锐湿疣等疾病也有可能出现，需根据情况采取针对性的治疗措施。
1、珍珠状阴茎丘疹
珍珠状阴茎丘疹是男性生殖器上常见的良性病变，多与包皮过长、局部卫生状况差、冠状沟分泌物及污垢的长期刺激有关，主要表现为冠状沟周围排列成行的细小白色或淡红色丘疹，通常无需特殊治疗，保持局部清洁干燥即可。
2、毛囊炎
毛囊炎是毛囊的炎症反应，多由细菌感染引起，如金黄色葡萄球菌，也可能与局部潮湿、不透气、搔抓等因素有关，可发生于身体任何有毛发的部位，包括生殖器，建议保持局部清洁干燥，可外用抗生素软膏治疗，严重时需口服抗生素。
3、尖锐湿疣
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，主要通过性接触传播，少数可通过间接接触传播，表现为生殖器及肛周皮肤黏膜的赘生物，需及时就医，采用物理治疗、药物治疗或手术治疗等方法去除疣体，并注意性伴侣同治，预防复发。
4、皮脂腺囊肿
皮脂腺囊肿是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿，多与局部清洁不当、皮脂腺分泌旺盛有关，小囊肿可观察，大囊肿或继发感染者需手术切除。
在日常生活中，应注意每日用温水清洗生殖器，注意清洁冠状沟、包皮内侧等易藏污纳垢的部位。选择宽松、棉质、透气性好的内裤，避免穿着紧身裤或化纤材质的内裤，减少摩擦和刺激。