自慰有可能引起尿路感染，因自慰时若不注意卫生，手上病原体易进入尿道，粗暴方式可致生殖器或尿道损伤提供感染通道，但保持良好卫生习惯、身体免疫力强可降低风险，女性因尿道短直更易感染。
- 人体的尿道与生殖器官在解剖位置上较为接近，在自慰过程中如果没有注意卫生，手上携带的细菌、真菌等病原体很容易在自慰时接触并进入尿道。如常见的大肠杆菌等肠道菌群，在不清洁的情况下进入尿道后，就可能在尿道内繁殖，引发尿道的炎症反应。
- 如果动作过于粗暴或者使用了不适当的器具，可能会对尿道或者生殖器造成细微的损伤，这些微小的创口为病原体的侵入提供了通道，使感染的风险进一步增加。如粗暴的摩擦可能导致尿道黏膜的破损，病原体就可以通过这些破损处进入泌尿系统，进而感染膀胱等部位。
- 如果在自慰前后都能保持良好的个人卫生习惯，那么可以在很大程度上降低尿路感染的风险，如自慰前认真洗手，确保手部的清洁；使用干净、卫生的器具，并且对器具进行严格的消毒处理。
- 从身体自身的免疫状态来看，当人体免疫力较强时，即使有少量病原体进入尿道，机体的免疫系统也能够及时地将其清除避免感染的发生。如果身体处于疲劳、生病或者其他免疫力低下的状态，那么抵御病原体的能力就会减弱，此时自慰后更容易引发尿路感染。
- 由于女性的尿道较短且直，相比男性更容易发生尿路感染，在自慰时如果不注意卫生，细菌更容易上行进入膀胱等泌尿系统器官，导致感染的发生。
自慰前后要认真洗手保持清洁。若使用器具需严格消毒。避免动作粗暴造成损伤。身体疲劳或免疫力低时尽量避免自慰。女性尤其要注意卫生。