灰指甲的患者一般可以通过局部封包疗法、药物治疗、手术治疗、激光治疗、光动力治疗、离子导入治疗的方式进行治疗。灰指甲的治疗可能有一定刺激，因此患者一定要选择正规医院的皮肤科，不要随意在路边的小店里处理，以免加重病情，不利于恢复。
1、局部封包疗法：就是用药物使指甲剥脱，一般5-7天可以去除病甲。具体的治疗方法是：先将病甲周围正常皮肤用胶布包好，避免受药物刺激引起皮肤破损。然后用尿素霜、冰醋酸等药物敷包在指甲上，其上覆盖一小片塑料薄膜，然后用胶布固定封包。
5-7天为一疗程，一般一疗程即可。待甲板软化后，即用单面刀将病甲及所有残留甲尽量刮除，病甲去除后，需要使用抗真菌药物，彻底杀灭真菌，否则新长的指甲还是灰指甲。
2、药物治疗：包括外用和口服抗真菌药物。常用的外用药物有阿莫罗芬、环吡酮；常用的口服药物有特比萘芬、伊曲康唑。
3、手术治疗：比如拔甲或患甲清除术，适用于远端甲板受累、皮肤癣菌瘤、嵌甲和甲板厚度超过2毫米且不伴手足癣的单个灰指甲患者。
4、激光治疗：让患甲局部接受较高密度的能量，以抑制皮肤癣菌的生长。此方法不仅对正常组织损伤较少，而且可避免系统用药引起的不良反应。
5、光动力治疗：使用光敏剂结合一定波长的红光来照射患处，可产生单态氧、氧自由基等来杀伤皮肤癣菌，从而达到治疗本病的目的。
6、离子导入治疗：使用低电流让局部外用药物更好地渗入甲板和周围组织，以提高疗效，但是此法难以穿透甲板全层。
除了积极治疗外，在日常生活中还要依据灰指甲的易感因素进行预防，才能避免疾病复发，如勤换鞋袜且不与别人共用鞋袜，切忌过度修甲，避免甲外伤，积极治疗足癣、手癣等，有糖尿病、高血压等基础疾病时，应积极治疗基础疾病。
需要注意的是，灰指甲是一种慢性的真菌感染，需要积极治疗，最好到正规的医院做相关真菌学检查，确诊后在医生指导下，选择适合的治疗方案，避免诊断不明乱用药。