阿莫西林胶囊为β-内酰胺类抗生素、青霉素类药，长期大量使用可能会对人体有副作用，出现胃肠道不适症状、过敏症状、中枢神经系统症状、血液系统症状以及二重感染。一旦出现异常症状，需及时就医治疗。
1、胃肠道不适症状
包括恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等。症状轻者可无需特殊处理，停药后可缓解。若症状严重，应立即停药，并尽快就医。同时要注意清淡温和饮食，避免食用辛辣、寒凉等刺激性食物。
2、过敏症状
包括皮疹、瘙痒、皮肤红肿、药物热、气促、呼吸困难、哮喘等。症状较轻者可服用盐酸苯海拉明片、盐酸异丙嗪片等抗组胺药治疗，严重者应立即就医。
3、中枢神经系统症状
偶见兴奋、焦虑、失眠、头晕以及行为异常等症状，因此用药期间应尽量避免开车、操作机械等危险工作。症状严重者应停用药物，并到医院就诊。
4、血液系统症状
可能会有疲乏、无力、面色苍白、贫血症状。出现严重贫血症状时，需尽快前往医院进行检查，明确贫血后可进行输血治疗，以迅速提高血红蛋白水平，改善贫血症状。也可遵医嘱服用铁剂、叶酸等药物补充体内所需营养。
5、二重感染
在原发感染没有治愈的时候，出现新的感染。需立即就医，根据细菌药敏试验，遵医嘱选择敏感抗生素治疗。
此外，服用阿莫西林胶囊期间，还可能会导致实验室检查指标异常，如血小板减少、嗜酸性粒细胞增多、血清氨基转移酶轻度增高、白细胞减少等，因此在做相关检查前需要告知医生服药情况，以免影响诊断结果。