六岁男孩阴茎疼痛可能由多种原因引起，主要包括外伤、包皮龟头炎，以及尿路感染等，还应及时查明原因，并根据不同原因选择合适的方法进行处理，改善症状。
1、外伤：小男孩活泼好动，阴茎可能因碰撞、挤压等外伤导致疼痛，疼痛通常较为突然，且可能伴有局部红肿、淤血等症状，家长应仔细检查孩子阴茎是否有外伤痕迹，如有必要，及时就医处理。
2、包皮龟头炎：包皮过长或包茎的男孩，若不注意局部卫生，易导致包皮垢堆积，从而引发包皮龟头发炎，表现为阴茎红肿、疼痛，有时伴有瘙痒、分泌物增多等症状，可遵医嘱外用抗菌药物进行治疗，并注意保持局部清洁干燥。
3、尿路感染：尿路感染也是导致男孩阴茎疼痛的常见原因，尿路感染时，孩子可能出现尿频、尿急、尿痛等症状，严重时可能伴有发热、腰痛等全身表现，需及时就医，完善尿常规等相关检查，并在医生指导下使用抗生素进行治疗。
阴茎疼痛还可能由阴茎皮肤过敏、阴茎血管性病变、阴茎肿瘤等较为罕见的原因引起，通常需要专业医生的详细检查和诊断。日常生活中，家长应引导孩子注意个人卫生，定期清洗阴茎及包皮，避免包皮垢堆积，注意穿着宽松透气的内裤，避免长时间穿着紧身裤或牛仔裤，对于包皮过长或包茎的男孩，建议在合适时机进行包皮环切手术，以减少感染和炎症的发生。