患者使用甲硝唑凝胶不当，可出现皮肤黏膜损伤、阴道菌群失调，也可能会有胃肠道反应、双硫仑样反应、过敏反应等。因此，患者应当严格遵循医生建议使用，切勿盲目使用药物。
1、皮肤黏膜损伤
甲硝唑凝胶多用于治疗炎症性丘疹、滴虫性阴道炎等，使用时药物可对局部皮肤、黏膜造成刺激，出现局部烧灼感、疼痛等，或是起红斑、皮肤干燥等，一般停止使用后就会改善。
2、阴道菌群失调
甲硝唑凝胶属于抗生素类药物，患者使用甲硝唑凝胶时不恰当，如长期使用、过量使用等，可导致阴道菌群失调，阴道防御功能减退，出现感染的风险增高。
3、胃肠道反应
部分患者使用甲硝唑凝胶后会出现胃肠道反应，表现为口腔有金属味并有恶心、呕吐、厌食等不适，此类患者可告知医生后调整用药方案。
4、双硫仑样反应
使用甲硝唑凝胶期间如果喝酒，或吃含酒精的食物，可能产生双硫仑样反应，出现恶心、胸闷、面色潮红等，甚至会有呼吸困难、死亡等。一旦出现双硫仑样反应，应避免再用此种药物、喝酒等，并在医生帮助下吸氧、监测生命体征等。
5、过敏反应
部分患者对甲硝唑制剂过敏，使用后会出现皮肤瘙痒、起红疹、水肿等，需要立即停止使用，并遵医嘱使用盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等。
此外，部分患者还会出现周围神经炎，或是造成心脏毒性，就建议患者到皮肤科、妇科等科室就诊，在医生指导下合理使用。