理中丸和附子理中丸在多个方面存在显著差异，主要包括药物组成不同、功效不同、治疗疾病不同等。两者均需在医生的指导下使用，不可自行用药。
1、药物组成不同：
- 理中丸：主要由炙甘草、人参、干姜、白术四种中药材制作而成。辅料可能包括炼蜜等，用于制成丸剂。
- 附子理中丸：在理中丸的基础上增加了一味关键药材——附子（制），同时党参、白术可能经过炒制处理，以及甘草等药材共同组成。附子理中丸的性状通常为棕黑色的浓缩丸，气微，味微甜而辛辣。
2、功效不同：
- 理中丸：具有温中祛寒、补气健脾的功效，主要针对脾胃气虚证，治疗因脾胃功能下降、动力不足引起的相关症状。
- 附子理中丸：在理中丸的基础上，增加了温阳的作用，因此具有更强的温中健脾功效。其适用于脾胃虚寒证，即除了动力不足外，还伴有脾阳亏虚的情况，程度较理中丸更重。
3、治疗疾病不同：
- 理中丸：通常用于治疗因脾胃虚寒引起的呕吐、腹痛、不欲饮食、脉沉细、胸满腹痛、消化不良等症状。
- 附子理中丸：除了治疗上述部分症状外，还特别适用于脘腹冷痛、肢冷便溏等虚寒表现更为明显的症状。附子理中丸还可用于治疗胃、十二指肠溃疡、腹泻、窦性心动过缓、过敏性紫癜、复发性口腔溃疡等多种疾病。
服药期间应避免食用生冷、辛辣油腻及不易消化的食物，以免影响药效。附子理中丸中的附子有微毒，孕妇慎用。其他人群服药后如出现血压增高、头痛、心悸等症状，应立即停药并就医。感冒发热者慎用附子理中丸，有高血压、心脏病等慢性病严重者应在医师指导下服用附子理中丸。