疱疹性咽峡炎的潜伏期因个体差异、病毒种类及感染途径等因素而有所不同，通常情况下，疱疹性咽峡炎的潜伏期通常在2-12天，但也有可能长达20天左右。
- 疱疹性咽峡炎主要由肠道病毒引起，特别是肠道病毒71型和柯萨奇病毒A型，柯萨奇病毒B型、脊髓灰质炎病毒和埃可病毒等也可能导致感染。病毒在侵入人体后，并不会立即引起症状，而是会在体内潜伏一段时间，称为潜伏期。
- 在潜伏期内，病毒可能在体内进行复制和增殖，但尚未达到足以引起明显症状的水平，患者在潜伏期内可能没有任何不适感，但这并不意味着没有感染病毒。一旦潜伏期结束，病毒开始大量繁殖并侵入喉咙和口腔黏膜细胞，会引发炎症反应，导致喉咙疼痛、发热、咳嗽、头痛等症状的出现。
- 疱疹性咽峡炎是一种具有传染性的疾病，主要通过飞沫、唾液、直接接触等途径传播。在潜伏期内，患者虽然尚未出现症状，但已经具有传染性，可能将病毒传播给其他人。对于与疱疹性咽峡炎患者有过接触的人群，应密切观察自身健康状况，一旦出现相关症状，应及时就医。
疱疹性咽峡炎的病程一般为4-6天，多数患者在1周左右可以自愈，对于病情较为严重的患者，可能需要遵医嘱使用抗病毒药物治疗，并加强对症支持治疗以缓解症状和缩短病程。在治疗过程中，患者应保持充足的休息和饮食，增强身体免疫力，促进病情的恢复。