肛瘘是直肠、肛管与肛周皮肤相通所形成的感染性肉芽肿性管道，形成原因复杂多样，主要包括肛周脓肿、直肠肛门损伤、肛裂反复感染等。
1、肛周脓肿：当肛隐窝或肛门腺发生感染时，炎症会沿着肛管直肠向周围蔓延，形成脓肿。脓肿若自行溃破或经切开引流后，脓腔逐渐缩小，但外部破溃口和切口未能完全愈合，导致腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即形成瘘管，从而引发肛瘘。
2、直肠肛门损伤：直肠或肛门受到外界损伤，如外伤、肛门体温计测量、肛门镜检查等过程中操作不当，都可能损伤肛管直肠，导致细菌侵入伤口并引发感染。食物中的骨头、鱼刺等硬物也可能在吞咽过程中不慎刺伤肛门，进而形成肛瘘。
3、肛裂反复感染：若肛裂反复发作并感染，可并发皮下瘘，即肛瘘的一种类型，肛裂的裂口成为细菌入侵的门户，持续感染导致瘘管形成。
4、会阴部手术及感染：会阴部手术，如内痔注射治疗时药物误入肌层、产后会阴缝合术等，若术后发生感染，感染可波及肛门直肠，引起脓肿及瘘管形成。内痔注射治疗若操作不当，也可能直接损伤肛管直肠组织，导致肛瘘的发生。
5、特殊疾病感染：如结核病、溃疡性结肠炎、克罗恩病等，可能导致机体抵抗力下降或存在特殊感染源，通过血行感染或直接感染的方式引发肛瘘。上述疾病在发展过程中，可能侵犯肛门直肠区域，导致局部组织感染、坏死，进而形成肛瘘。
在预防和治疗肛瘘时，需要综合考虑患者的具体情况，采取有针对性的措施。对于已经形成的肛瘘，应及时就医并接受正规治疗，避免病情进一步恶化。