基底动脉开窗畸形如果无症状且形态稳定，不需要治疗，如出现头痛、头晕、肢体无力、言语不清等症状，应及时就医治疗。
1、无症状且形态稳定：没有头痛、头晕、肢体无力、言语不清、视物模糊等神经系统症状，并且通过定期的影像学检查监测，开窗畸形的形态结构稳定，没有进一步发展的趋势，一般不需要治疗，只需定期复查，通常建议每1-2年进行一次相关检查。
2、轻度症状但不影响生活：患者出现偶尔轻微头痛、头晕等症状，对日常生活和工作没有明显影响，且经过检查排除了其他可能导致症状的疾病。需要在医生的指导下服用改善脑循环、营养脑神经的药物治疗。
3、症状明显但可药物控制：出现较为明显的症状，如频繁头痛、头晕，或者出现短暂性脑缺血发作，表现为一过性的肢体麻木、无力、言语不清等，但通过药物治疗，如抗血小板药物、抗凝药物等能够有效控制症状。这种情况下，以药物治疗为主，并定期进行神经系统检查和影像学复查，根据病情变化调整治疗方案。
4、药物治疗无效的症状：症状严重，如出现脑梗死，且经过规范的药物治疗后症状仍不能得到有效控制，需要考虑进行血管内介入治疗，如血管成形术、支架置入术等，以改善血管狭窄、增加脑血流量，降低脑缺血发作的风险。
5、合并其他脑血管病变：如果基底动脉开窗畸形同时合并有其他脑血管病变，如动脉瘤、血管狭窄、血管夹层等，导致脑缺血、脑出血等严重并发症的风险显著增加。这种情况下，无论是否有临床症状，都需要积极进行治疗，治疗方案包括血管内介入治疗、外科手术治疗或联合治疗等。
基底动脉开窗畸形的患者，日常生活中要避免剧烈运动和头部剧烈晃动；定期进行体检和神经系统检查。