针对13岁男孩阴茎看起来较小的情况，并不一定指向具体的疾病，这种情况可能是生理发育差异、遗传因素、营养不良或生活习惯等原因导致的，需要选择合适的方法进行处理。
1、生理发育差异：青春期是动态的发展过程，男孩的性征发育，包括阴茎增长会在不同时间点开始并加速，13岁时阴茎看起来较小，可能仅仅是发育时间上的差异，随着年龄增长，这种情况可能会自然改善。
2、遗传因素：阴茎的大小与遗传有一定关系，家族中成员若有类似情况，可能是遗传因素在发挥作用，并非病理状态，无需过分担忧。
3、营养不良或生活习惯：长期营养不良或不良的生活习惯，如缺乏运动、睡眠不足可能影响生长发育，包括生殖系统的发育，改善饮食结构，增加户外活动，保证充足的睡眠，有助于促进全面健康发展。
4、隐匿性阴茎：这是一种先天性发育异常，表现为阴茎体外观短小，但实际阴茎体埋藏于皮下组织内，对于隐匿性阴茎，建议咨询专业医生进行评估，必要时可通过手术治疗进行矫正。
5、肥胖及内分泌异常：极少数情况下，男孩阴茎发育迟缓可能与内分泌系统异常有关，如雄激素分泌不足，通常需要通过血液检查等医学手段来确诊，并在医生指导下进行相应的治疗，可能包括激素替代疗法等。
面对孩子阴茎发育的问题，家长应保持冷静和理性，避免给孩子带来不必要的心理压力，鼓励孩子参与健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动、充足睡眠等，密切关注孩子的生长发育情况，如果有异常或疑虑，应及时就医并且咨询专业医生。