眼睛囊肿能否自愈取决于多种因素，如囊肿的大小、位置、形成原因以及个体的身体状况等，不能一概而论。一般来说，部分眼睛囊肿有自愈的可能性，但大多数情况下难以自行消退。
- 如果眼睛囊肿较小，且是由于局部的炎症刺激或轻微的阻塞引起，在炎症得到控制、阻塞解除后，囊肿可能会逐渐缩小甚至消失，例如睑板腺囊肿在早期，通过热敷、按摩等方法，促进睑板腺分泌物排出，有时可以使囊肿自行吸收。
- 如果囊肿较大、持续时间较长，或者是由于眼部结构的异常、肿瘤等原因引起，自愈的可能性就很小。比如较大的霰粒肿，如果不进行治疗，可能会长期存在，并对周围组织造成压迫，影响眼部功能。
- 眼部囊肿的位置也会影响其自愈的可能性，如果位于眼球内部的囊肿，如脉络膜囊肿，由于眼球内部环境相对稳定，且自我修复能力有限，通常难以自愈。而且个体的身体免疫力和代谢能力也会对囊肿的自愈产生影响，免疫力较强、代谢旺盛的人，可能更有利于囊肿的吸收和消退。
- 需要注意的是，即使某些较小的囊肿暂时没有引起明显的症状，也不能掉以轻心，因为可能会在某些因素的刺激下继续增大，或者发生感染、恶变等情况。眼睑的皮脂腺囊肿，如果受到挤压或摩擦，容易发生感染，导致红肿、疼痛等症状。
如果发现眼睛有囊肿，应及时就医，进行详细的检查和诊断，由医生根据具体情况决定治疗方案。