如果怀孕12天在确认怀孕且决定终止妊娠时，需要选择安全、有效的方法，可以选择等待观察、药物流产、人工流产术，需要前往正规的医疗机构，根据自身情况选择合适的处理措施。
- 如果怀孕时间较短，且经过超声检查确认孕囊尚未在子宫内着床，此时无法进行任何流产操作。需要等待1周左右，复查超声确认孕囊位置后再做决定。在此期间应避免剧烈运动和性生活，以防发生意外。
- 药物流产适用于怀孕49天内的孕妇，通过服用药物可以使子宫收缩，排出孕囊。但药物流产可能存在流产不全的风险，需要在医生的严密观察下进行，若药流不全，可能需要进行清宫手术。
- 人工流产术也是常见的方法，包括负压吸引术和钳刮术，负压吸引术适用于怀孕10周内的孕妇，通过负压吸引装置将孕囊吸出。而钳刮术适用于怀孕10-14周的孕妇，操作相对复杂，对身体的损伤也较大。
- 如果孕妇本身存在基础疾病，如心脏病、高血压、糖尿病等，或者是瘢痕子宫、多次流产史等特殊情况，在选择流产方式时需要更加谨慎。医生可能会综合评估孕妇的身体状况，制定个性化的流产方案。
无论选择哪种流产方式，都需要在正规的医疗机构进行。术前要进行全面的身体检查，包括血常规、凝血功能、白带常规、超声等，以排除手术禁忌证。术后要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，避免感染，还要按照医生的建议定期复查。