反流性食管炎的原因复杂多样，主要包括食管下端括约肌功能异常、食管酸廓清功能障碍、食管黏膜抗反流屏障功能损害等几个方面。
1、食管下端括约肌功能异常：食管下端括约肌是食管与胃交界线之上3-5cm范围内的高压区，起着防止胃内容物反流入食管的生理作用。食管下端括约肌压过低和腹内压增加时不能引起有力的收缩反应，可导致胃食管反流。
2、食管酸廓清功能障碍：正常食管酸廓清功能包括食管排空和唾液中和两部分。当酸性胃内容物反流时，食管继发性蠕动即可排空几乎所有的反流物。残留于食管黏膜陷窝内的少量酸液则可被唾液中和。当食管酸廓清功能受损时，会导致反流物在食管内停留时间过长，增加食管黏膜受损的风险。
3、食管黏膜抗反流屏障功能损害：食管黏膜抗反流的屏障功能由上皮前、上皮和上皮后因素组成。当这些防御屏障受损伤时，即使在正常反流情况下，亦可致食管炎。
4、胃十二指肠反流：当幽门括约肌张力和食管下端括约肌压同时低下时，胃液中的盐酸和胃蛋白酶，十二指肠液中的胆酸、胰液和溶血性卵磷脂等均可同时反流入食管，侵蚀食管上皮细胞的角化层，并使之变薄或脱落。反流物中的H+及胃蛋白酶则透过新生的鳞状上皮细胞层而深入食管组织，引起食管炎。
另外，裂孔疝、硬皮病、食管下段及贲门部肿瘤、新生儿及婴幼儿的食管下括约肌功能不良等也容易诱发反流性食管炎。由此可见，反流性食管炎是由多种因素共同作用引起的，了解这些因素有助于更好地预防和治疗该疾病。