做骨髓穿刺术一般怀疑与血液系统、免疫系统或骨髓本身的功能异常有关，如白血病、再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜等，可以在医生指导下进行针对性治疗。
1、白血病：白血病是起源于造血干细胞的恶性克隆性疾病，通过骨髓穿刺术可以观察骨髓中白细胞的增生情况和形态学改变，从而帮助确诊。
2、再生障碍性贫血：是一种骨髓造血功能衰竭症，主要表现为贫血、出血和感染，骨髓穿刺术可以显示骨髓增生重度减低，是确认该疾病的一个重要标准。
3、血小板减少性紫癜：是一种以血小板减少为特征的出血性疾病，可能对身体造成较大危害，骨髓穿刺术通过细胞学、细菌学等方面的检查能够确诊此病。
4、骨髓瘤：症状通常包括持续性的骨痛，通过骨髓穿刺术可以观察出骨髓中异常的浆细胞，从而明确判断是否存在骨髓瘤。
5、骨髓增生异常综合征：是一种异常的造血干细胞衍生的恶性克隆发展起来的克隆性疾病，以造血干细胞病态造血为特点，骨髓穿刺术能够观察骨髓细胞的形态学改变，帮助确诊此病。
骨髓穿刺术还可能用于检查多发性骨髓瘤、骨髓纤维化、原发性血小板增多症、真性红细胞增多症等其他与血液系统或骨髓功能异常相关的疾病，此类疾病的诊断同样依赖于骨髓穿刺术所获取的骨髓液样本的细胞学、病理学检查结果。