趴在桌子上睡觉肚子疼的处理方法，需要根据导致肚子疼的原因决定，如长时间压迫、受凉、睡觉前进食过多，以及消化不良、急性胃肠炎等，建议到医院的消化内科就诊处理，配合医生进行积极处理。
1、长时间压迫：长时间趴在桌子上睡觉，腹部可能会受到压迫，软组织痉挛而出现疼痛感，可以通过疼痛部位的按揉来缓解，不用过于担心。
2、受凉：可能由于睡觉时肚子受凉，出现上述情况，与肠道痉挛有关，可以通过热敷缓解，如使用暖贴、暖水袋等。
3、睡觉前进食过多：如果在睡觉以前进食油腻或辛辣刺激的食物，可能会刺激胃黏膜而出现腹痛的表现，还可能会有消化不良的表现。建议在进食后适当活动一段时间，帮助胃内的食物消化，而且要避免进食刺激性过强的食物。
4、消化不良：可能是食物在胃内由于胃蠕动减慢而没有消化，不仅会出现上述症状，还可能会有打嗝、恶心等表现。此时可以顺时针按揉腹部，也可以在医生指导下使用健胃消食片、多潘立酮片等药物促进恢复。
5、急性胃肠炎：可能是睡觉前进食的食物不干净导致，此时出现细菌感染，不仅会有腹痛的 症状，还会出现腹泻、呕吐等伴随症状。建议多喝热水，促进身体代谢，还可以在医生指导下使用蒙脱石散、双歧杆菌活菌胶囊等药物改善不适。
此外，还可能是胃食管反流病、胰腺炎等因素导致的，可能需要结合多项临床检查才能确定。在恢复过程中，要注意休息，避免劳累，以免影响到恢复。