阴茎短小可能由多种原因引起，包括肥胖、先天性发育异常、内分泌失调等，针对不同原因有相应的处理措施，如一般治疗、手术治疗等。
1、肥胖：
肥胖者耻骨前脂肪堆积过多，会使阴茎体大部分埋藏于脂肪组织中，从外观上看阴茎显得短小。这并非真正的阴茎短小，而是一种假性的表现。此时主要是通过控制饮食和增加运动来减轻体重。饮食上减少高热量、高脂肪、高糖食物摄入，增加蔬菜、水果、全谷物等富含膳食纤维食物的摄入。运动方面可进行有氧运动，如慢跑、游泳、骑自行车等，每周至少150分钟，同时结合力量训练，如深蹲、俯卧撑等，以增加肌肉量，提高基础代谢率，减少脂肪堆积。随着体重减轻，耻骨前脂肪减少，阴茎外观短小的情况会得到改善。
2、先天性发育异常：
在胚胎发育过程中如果海绵体发育受阻，也会造成阴茎短小。对于阴茎海绵体发育严重异常且对患者生理和心理造成极大困扰的情况，可考虑在成年后进行阴茎延长手术，但手术存在一定风险，如感染、出血、神经损伤等，需要谨慎评估。
3、内分泌失调：
下丘脑-垂体-性腺轴功能异常会影响雄激素分泌和调节，如垂体瘤。另外，甲状腺功能减退也可能间接影响性激素代谢，对阴茎发育产生不良影响。此时要治疗原发的内分泌疾病。对于垂体肿瘤，可能需要手术切除、放疗或药物治疗等，以恢复垂体的正常功能，促进促性腺激素分泌。甲状腺功能减退则需要补充甲状腺激素，使甲状腺功能恢复正常。在治疗内分泌疾病的同时，可根据患者的具体情况，在医生指导下适当补充雄激素，以促进阴茎生长。
阴茎短小的原因较为复杂，需要准确诊断后采取针对性处理措施。患者如有相关疑虑，应及时就医，在医生的专业指导下进行评估和治疗，避免自行盲目处理。对于此类患者，必要时也可通过阴茎延长术来解决问题。
阴茎短的危害
- 在性交过程中，阴茎长度不足可能无法充分刺激阴道内的敏感区域，从而导致性快感降低。对于男性自身，这种情况可能会引起勃起功能障碍。因为在性生活中如果多次出现无法满足伴侣或者自身性体验差的情况，会产生心理压力，而心理压力又会进一步加重勃起功能障碍，形成恶性循环。
- 另外，阴茎短小还可能与射精功能障碍有关。部分阴茎短小的男性可能会出现射精过快的现象，这主要是由于阴茎在阴道内的抽动幅度和时间受到限制，容易使男性较快达到性高潮而射精，影响性生活质量。