歪嘴哭综合症可能是基因问题，多有染色体微缺失，这种染色体的改变可能与遗传、基因突变、胎儿宫内感染、妊娠期糖尿病、孕期服用药物等有关。
1、遗传
如果父母双方或一方患有该疾病，有可能会发生遗传，导致患者出现该疾病的概率增加，因此属于基因问题，一般无法预防，可以通过康复锻炼来提高患者的生活质量；
2、基因突变
如果在妊娠的时候经常接触辐射或有毒物质，可能会导致胎儿的基因发生突变，属于基因问题，引起歪嘴哭综合症，妊娠时需要远离辐射，尽量不要接触有毒物质，避免影响胎儿；
3、胎儿宫内感染
孕妇在妊娠时期被病原体感染，病原体可能会通过胎盘感染胎儿，使胎儿的染色体发生突变，发生基因问题，出现歪嘴哭综合症，孕妇需要做好防护措施，避免感染；
4、妊娠期糖尿病
若孕妇患有妊娠期糖尿病，没有注意控制血糖，血糖长期偏高后就容易发生感染，引起基因问题，如染色体异常，造成歪嘴哭综合症，孕期注意要遵医嘱使用降血糖药物；
5、孕期服用药物
药物可以通过胎盘屏障进入胎儿体内，有的药物可以影响胎儿基因，可影响胎儿的正常发育，引起歪嘴哭综合症，所以孕期应在医生指导下用药。
对于歪嘴哭综合症患儿需根据具体情况综合诊治，尽早行心脏彩超、腹部B超、头颅影像学检查及遗传学检测等，以早期发现和治疗，改善预后。