疱疹性咽峡炎是儿童常见的疾病，多由肠道病毒引起。当儿童患疱疹性咽峡炎时，可根据不同症状和医院科室设置选择合适的科室就诊，有助于准确诊断和有效治疗，可以选择儿科门诊、感染科等。
1、儿科门诊：儿科是专门针对儿童疾病进行诊断和治疗的科室，儿科医生对儿童的生理特点、疾病表现有深入的了解。疱疹性咽峡炎是儿童多发病，儿科医生能从整体上评估孩子的病情，包括是否有发热、咳嗽等伴随症状，对病情进行综合判断并制定相应的治疗方案。
2、感染科：疱疹性咽峡炎是由肠道病毒感染引起的疾病，感染科医生在病毒感染性疾病的诊断、治疗和预防方面具有专业知识，能够准确判断病毒的类型、传播特点等，对病情的评估更加侧重于感染的控制和预防传播给其他儿童。
3、发热门诊：疱疹性咽峡炎通常起病急骤，初期多伴有发热症状，发热门诊专门针对发热患者进行筛查和初步诊断，这里可以快速进行必要的检查，如血常规等，以初步判断是病毒感染还是细菌感染引起的发热，对于疱疹性咽峡炎的早期诊断和鉴别诊断有重要意义。
4、急诊科：如果儿童疱疹性咽峡炎病情严重，出现高热惊厥、呼吸困难、精神萎靡等紧急情况，需要立即就医进行急救处理。急诊科具备各种急救设备和专业的急救人员，能够迅速对患儿的生命体征进行评估并采取紧急救治措施。
5、耳鼻喉科：疱疹性咽峡炎主要侵犯口腔、咽喉部位，当咽喉部的疱疹、疼痛等症状非常严重，影响到患儿的吞咽、呼吸等功能时，耳鼻喉科医生可以利用其专业的咽喉部检查设备，如喉镜等，对咽喉部的病变进行更详细的检查，判断是否存在咽喉部黏膜的严重损伤或者合并其他咽喉疾病。
在前往医院就诊前尽量记录好孩子的症状，如发热的温度、持续时间，口腔疱疹的分布等情况，以便医生能更快速准确地判断病情。由于疱疹性咽峡炎具有传染性，在就诊过程中要注意避免孩子与其他患儿密切接触，防止交叉感染。